تتطلب جميع الصناعات تقريبًا الماء في مرحلة ما من الإنتاج ، وفي كل نظام صناعي تقريبًا تصبح المياه ملوثة بمختلف الملوثات. نظرًا لوجود العديد من أنواع عمليات التصنيع المختلفة ، يمكن أن تختلف تفاصيل التلوث الناجم عن التخلص غير السليم من مياه الصرف الصحي اختلافًا كبيرًا. اعتمادًا على ما يتم تصنيعه والعملية التي تنطوي عليها ، يمكن أن يتغير نوع النفايات التي تأتي من العمليات الصناعية. يمكن أن تتراوح هذه في أي مكان من الأمونيا كمنتج ثانوي لإنتاج الحديد إلى تكسير النفط الذي يجلب المواد السامة من تحت الأرض إلى السطح. وأبرز مثال على الصرف الصحي الصناعي هو الذي يأتي من الزراعة والصناعات الأخرى التي تلوث مياه الصرف الصحي بالنيتروجين والفوسفور. هذه المواد الكيميائية مهمة لأنها تساهم في نوع فريد من التلوث يعرف باسم التخثث أو تلوث المغذيات.
يعتبر النيتروجين والفوسفور من المكونات الرئيسية في معظم الأسمدة الصناعية ، وبالتالي عندما يتمكنون من الوصول إلى المسطحات المائية من خلال مياه الصرف الصحي ، فإنهم في الواقع يعملون كفائض من العناصر الغذائية للطحالب. هذا يسمح بنمو كبير من الطحالب يسمى تكاثر الطحالب التي يمكن أن تعوض بشكل كبير النظم البيئية المائية.
في البداية تنتج الطحالب كميات زائدة من الأكسجين ، ولكن بعد أن تموت الإزهار حتمًا ، تستهلك الكائنات الحية الدقيقة كل الأكسجين أثناء التحلل. هذا يخلق بيئة مائية خالية تمامًا من الأكسجين تسمى المنطقة الميتة ، حيث لا يمكن أن يعيش سوى القليل أو لا شيء.